Υποβολή εργασιών Mathematica στην Υπολογιστική Συστοιχία του ΑΠΘ

Σε αυτό το εγχειρίδιο, μπορείτε να βρείτε οδηγίες σχετικά με την υποβολή εργασιών Mathematica στην Υπολογιστική Συστοιχία του ΑΠΘ.

Ενεργοποίηση της δυνατότητας χρήσης της Υπολογιστικής Συστοιχίας του ΑΠΘ
  • Για απόκτηση πρόσβασης στην Ιδρυματική συστοιχία μπορείτε να υποβάλετε την online αίτηση εδώ.
  • Μόλις ενεργοποιηθεί ο λογαριασμός σας, μπορείτε να συνδεθείτε στο UI μέσω SSH.
    Σχετικές οδηγίες για Linux ή για Mac OS X εδώ και για Windows εδώ.

Για την μεταφορά αρχείων από και προς τον server ακολουθούμε τις οδηγίες για Linux ή για Mac OS X εδώ και για Windows εδώ.

Εναλλακτικά μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον client MobaXterm για να συνδεθείτε μέσω SSH στο User Interface και να μεταφέρετε αρχεία μέσω sftp.

Πληροφορίες για το Login Node της Ιδρυματικής συστοιχίας και την πρόσβασή σας στο $HOME και στο scratch storage volume, μπορείτε να βρείτε εδώ.

Mathematica console στο User Interface(UI)
Για να ξεκινήσουμε την κονσόλα του Mathematica στο User Interface, μπορούμε να τρέξουμε τις δύο παρακάτω εντολές:

$ module load Mathematica
$ math

Επίσης μπορούμε να δημιουργήσουμε  ένα script όπως το  pi.m, το οποίο εκτελείται στο UI με την εντολή:

$ math -noprompt -run '<<pi.m'
Δημιουργία ενός απλού script για την υποβολή μίας εργασίας
Για να υποβάλουμε μία εργασία στην Ιδρυματική συστοιχία, θα πρέπει να μεταφερθούμε στο $SCRATCHDIR χρησιμοποιώντας την εντολή:

$ cd  $SCRATCHDIR

Έπειτα, δημιουργούμε ένα καινούργιο φάκελο test-math για την εργασία που θέλουμε να υποβάλουμε  και μεταφερόμαστε στο directory εκτελώντας τις παρακάτω εντολές στο User Interface :


$ mkdir test-math
$ cd  test-math

Εδώ μεταφέρουμε τα αρχεία της εργασίας  και το script που φτιάξαμε.

Για την μεταφορά αρχείων από και προς τον server ακολουθούμε τις οδηγίες για Linux ή για Mac OS X εδώ και για Windows εδώ.
Εναλλακτικά μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τον client MobaXterm για να συνδεθούμε μέσω SSH στο User Interface και να μεταφέρουμε αρχεία μέσω sftp.

Παράδειγμα

Έστω πως θέλουμε να τρέξουμε το  pi.mΓια να τρέξουμε το script στην συστοιχία θα πρέπει να δημιουργήσουμε το script υποβολής math.pbs

Περιεχόμενα αρχείου pi.m:

Put[ "pi_result.txt" ]
N[ Pi, 1000 ] >>"pi_result.txt"
Quit[ ]

 

 

 Περιεχόμενα αρχείου math.pbs

#!/bin/bash
#PBS -N Mathematica-job
#PBS -q see
#PBS -j oe 
cd $PBS_O_WORKDIR
module load Mathematica
math -noprompt -run '<<pi.m'

Αφού μεταφέρουμε τα αρχεία math.pbs και pi.m στο $HOME directory, μπορούμε να μεταφέρουμε τα αρχεία στο directory από όπου θα τρέξει η εργασία, εκτελώντας στο User Interface την παρακάτω εντολή:
$ cp pi.m math.pbs $SCRATCHDIR/test-math

Υποβολή εργασίας
Για να υποβάλουμε την εργασία στην υπολογιστική συστοιχία, μπορούμε να συνδεθούμε στο User Interface και να μεταφερθούμε στο directory test-math:

$ cd $SCRATCHDIR/test-math
Στην συνέχεια, μπορούμε να προχωρήσουμε σε υποβολή της εργασίας στην συστοιχία:

$ qsub math.pbs

Mπορούμε να ελέγχουμε το status της εργασίας με την εντολή:
$ qstat

Τα αρχεία εξόδου παράγονται στο directory από όπου έγινε η υποβολή της εργασίας, όσο ακόμη βρίσκεται σε εκτέλεση. 
Στο test-math directory, θα παραχθούν τα standard output, standard error και το αρχείο pi_result.txt

Για να ελέγξουμε το περιεχόμενο των αρχείων εξόδου, μπορούμε να χρησιμοποιούμε κάποια από τις παρακάτω εντολές:

$ tail pi_result.txt
$ cat pi_result.txt
$ less Mathematica-job.o*

 
Με εικόνες