Σε αυτό το εγχειρίδιο, μπορείτε να βρείτε οδηγίες σχετικά με την υποβολή εργασιών Mathematica στην Υπολογιστική Συστοιχία του ΑΠΘ.
- Για απόκτηση πρόσβασης στην Ιδρυματική συστοιχία μπορείτε να υποβάλετε την online αίτηση εδώ.
-
Μόλις ενεργοποιηθεί ο λογαριασμός σας, μπορείτε να συνδεθείτε στο UI μέσω SSH.
Σχετικές οδηγίες για Linux ή για Mac OS X εδώ και για Windows εδώ.
Για την μεταφορά αρχείων από και προς τον server ακολουθούμε τις οδηγίες για Linux ή για Mac OS X εδώ και για Windows εδώ.
Εναλλακτικά μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον client MobaXterm για να συνδεθείτε μέσω SSH στο User Interface και να μεταφέρετε αρχεία μέσω sftp.
Πληροφορίες για το Login Node της Ιδρυματικής συστοιχίας και την πρόσβασή σας στο $HOME και στο scratch storage volume, μπορείτε να βρείτε εδώ.
$ module load Mathematica
$ math
Επίσης μπορούμε να δημιουργήσουμε ένα script όπως το pi.m, το οποίο εκτελείται στο UI με την εντολή:
$ math -noprompt -run '<<pi.m'
$ cd $SCRATCHDIR
Έπειτα, δημιουργούμε ένα καινούργιο φάκελο test-math για την εργασία που θέλουμε να υποβάλουμε και μεταφερόμαστε στο directory εκτελώντας τις παρακάτω εντολές στο User Interface :
$ mkdir test-math
$ cd test-math
Εδώ μεταφέρουμε τα αρχεία της εργασίας και το script που φτιάξαμε.
Για την μεταφορά αρχείων από και προς τον server ακολουθούμε τις οδηγίες για Linux ή για Mac OS X εδώ και για Windows εδώ.
Εναλλακτικά μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τον client MobaXterm για να συνδεθούμε μέσω SSH στο User Interface και να μεταφέρουμε αρχεία μέσω sftp.
Παράδειγμα
Έστω πως θέλουμε να τρέξουμε το pi.m. Για να τρέξουμε το script στην συστοιχία θα πρέπει να δημιουργήσουμε το script υποβολής math.pbs
Περιεχόμενα αρχείου pi.m:
Put[ "pi_result.txt" ]
N[ Pi, 1000 ] >>"pi_result.txt"
Quit[ ]
Περιεχόμενα αρχείου math.pbs
#!/bin/bash
#PBS -N Mathematica-job
#PBS -q see
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
module load Mathematica
math -noprompt -run '<<pi.m'
Αφού μεταφέρουμε τα αρχεία math.pbs και pi.m στο $HOME directory, μπορούμε να μεταφέρουμε τα αρχεία στο directory από όπου θα τρέξει η εργασία, εκτελώντας στο User Interface την παρακάτω εντολή:$ cp pi.m math.pbs $SCRATCHDIR/test-math
$ cd $SCRATCHDIR/test-math
Στην συνέχεια, μπορούμε να προχωρήσουμε σε υποβολή της εργασίας στην συστοιχία:
$ qsub math.pbs
Mπορούμε να ελέγχουμε το status της εργασίας με την εντολή:$ qstat
Στο test-math directory, θα παραχθούν τα standard output, standard error και το αρχείο pi_result.txt
Για να ελέγξουμε το περιεχόμενο των αρχείων εξόδου, μπορούμε να χρησιμοποιούμε κάποια από τις παρακάτω εντολές:
$ tail pi_result.txt
$ cat pi_result.txt
$ less Mathematica-job.o*