Το Κέντρο δημιουργήθηκε με στόχο να συγκεντρώσει σε μια ενιαία οργανωτική δομή υφιστάμενες δομές που λειτουργούσαν στο Πανεπιστήμιο από τα μέσα της δεκαετίας του ’90. Στη δημιουργία του ΚΗΔ φθάσαμε μέσα από τα ακόλουθα σημεία-σταθμούς:

• 1995. Δημιουργείται το Κέντρο Λειτουργίας και Διαχείρισης Δικτύου Δεδομένων (ΚΛ&ΔΔ, ή απλά ΚΛΔ)  με στόχο την ανάπτυξη και την υποστήριξη των  υποδομών και των υπηρεσιών του δικτύου δεδομένων του Πανεπιστημίου. Οι δραστηριότητες του Κέντρου εποπτεύονται αρχικά  από την αντίστοιχη Επιτροπή Δικτύου Δεδομένων.
• 1996. Δημιουργείται το  Τηλεπικοινωνιακό Κέντρο (Τ/Κ) με στόχο την υποστήριξη των  υποδομών και των υπηρεσιών του τηλεφωνικού δικτύου του Πανεπιστημίου. Οι δραστηριότητες του Κέντρου εποπτεύονται αρχικά  από την αντίστοιχη Επιτροπή Τηλεφωνικού Δικτύου.
• 1998. Δημιουργείται το Κέντρο Υποστήριξης Τεχνολογιών Πληροφορικής (ΚΥΤΠ) με στόχο την υποστήριξη των μελών της Πανεπιστημιακής Κοινότητας σε θέματα εφαρμογών Πληροφορικής. Οι δραστηριότητες του Κέντρου εποπτεύονται αρχικά  από την αντίστοιχη Επιτροπή Υπολογιστικών Συστημάτων και Εφαρμογών
• 2002. Δημιουργείται το Κέντρο Επιστημονικών Υπολογιστικών Υπηρεσιών (ΚΕΥΥ) με στόχο την ανάπτυξη και την υποστήριξη  υπολογιστικών υπηρεσιών προς την επιστημονική κοινότητα. Οι δραστηριότητες του Κέντρου εποπτεύονται αρχικά  από την αντίστοιχη Επιτροπή  Υλοποίησης Έργων ‘GRID’.
• 2003. Συστήνεται η Επιτροπή Υποστήριξης Τεχνολογιών & Υπηρεσιών Πληροφορικής & Επικοινωνιών. Η σταδιακή σύγκλιση των τεχνολογιών πληροφορικής και επικοινωνιών ανέδειξε την ανάγκη για τον καλύτερο συντονισμό και την αποδοτικότερη συνεργασία των Κέντρων, γεγονός που οδηγεί στην αντικατάσταση των επιμέρους Επιτροπών που συντόνιζαν το έργο των Κέντρων από μια ενιαία Επιτροπή.
• 2010. Μετονομάζεται η Επιτροπή σε Επιτροπή Δικτύων, Επικοινωνιών & Πληροφορικής (ΕΔΕΠ) και πλέον αρχίζει να γίνεται εμφανές ότι η ενοποίηση των Κέντρων σε μια ενιαία δομή θα έχει σημαντικά οφέλη για το Πανεπιστήμιο.
• 2012. Υποβάλεται από την ΕΔΕΠ και εγκρίνεται από τη Σύγκλητο, στη συνεδρίαση της 4ης Ιουλίου 2012, η πρόταση για την ενοποίηση των τεσσάρων Κέντρων σε ενιαία οργανωτική δομή με στόχο την επίτευξη οικονομιών κλίμακας και την καλύτερη εξυπηρέτηση των μελών της Πανεπιστημιακής Κοινότητας.  Επιλέγεται ο Διευθυντής του νέου Κέντρου και οι προϊστάμενοι των τεσσάρων τμημάτων του μέσα από ανοικτή πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος.
• 2013. Ξεκινάει η συγκρότηση του Κέντρου Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης (ΚΗΔ) με την τοποθέτηση του προσωπικού στη νέα οργανωτική δομή. Η παροχή όλων των υπηρεσιών που υποστήριζαν τα προηγούμενα Κέντρα συνεχίζεται διάφανα, ενώ οργανώνεται ενιαία υπηρεσία εξυπηρέτησης χρηστών.
• 2015. Ενσωματώνεται στο ΚΗΔ η Μονάδα Σημασιολογικού Ιστού.