Το πρόγραμμα διαχείρισης ηλεκτρονικού ταχυδρομείου σας δίνει τη δυνατότητα να υπογράψετε και να κρυπτογραφήσετε e-mails, αφού εισάγετε στο πρόγραμμα το πιστοποιητικό σας ακολουθώντας τις οδηγίες που θα βρείτε εδώ και συγκεκριμένα στο εγχειρίδιο Εισαγωγή προσωπικού Ψηφιακού πιστοποιητικού σε mail client που βρίσκεται δεξιά. Ενεργοποιώντας την επιλογή υπογραφής των μηνυμάτων θα μπορείτε να στέλνετε κάθε μήνυμα υπογεγραμμένο. Για να κρυπτογραφήσετε ένα e-mail θα πρέπει να έχετε το πιστοποιητικό του παραλήπτη αποθηκευμένο στον υπολογιστή σας για να χρησιμοποιήσω το δημόσιο κλειδί του κατά την αποστολή. Η εύρεση και αποθήκευση των πιστοποιητικών άλλων χρηστών μπορεί να γίνει μέσα από την υπηρεσία εύρεσης πιστοποιητικών από την Υποδομή Δημοσίου Κλειδιού ΑΠΘ.

Τα προγράμματα διαχείρισης ηλεκτρονικού ταχυδρομείου και οι πλοηγοί (browsers) στον υπολογιστή όπου έχετε εγκαταστήσει το ψηφιακό πιστοποιητικό σας έχουν τη δυνατότητα εξαγωγής (export) του σε ένα αρχείο. Η μεταφορά του αρχείου αυτού μπορεί να γίνει με οποιονδήποτε ασφαλή τρόπο (π.χ. USB stick), ενώ η εγκατάστασή του σε άλλο υπολογιστή γίνεται με τη διαδικασία εισαγωγής (import) στον πλοηγό (browser). Είναι, όμως, εξαιρετικά κρίσιμο να φροντίσετε για την καταστροφή των αντιγράφων, ώστε να μην γίνουν ποτέ διαθέσιμα σε τρίτους, ιδίως αν το αρχείο σας αυτό δεν προστατεύεται με κωδικό χρήσης.Οδηγίες συμπεριλαμβάνονται εδώ και στα εγχειρίδια μεταφορά και εισαγωγή προσωπικού ψηφιακού πιστοποιητικού αντίστοιχα.

Ορισμένες ιστοσελίδες δίνουν τη δυνατότητα εισόδου σε περιορισμένους χρήστες παίρνοντας αυξημένα μέτρα ασφαλείας, δηλαδή απαιτούν όχι απλώς την εισαγωγή κάποιου κωδικού χρήστη, αλλά την επίδειξη κάποιου προσωπικού πιστοποιητικού από τον πλοηγό του χρήστη, ελέγχοντας όχι μόνο την ταυτότητά του, αλλά και την Αρχή που το εξέδωσε. Σε αυτές τις σπάνιες περιπτώσεις, ο χρήστης ενημερώνεται από τον πλοηγό του, ώστε να υποδείξει το προσωπικό πιστοποιητικό που θέλει να χρησιμοποιηθεί για την είσοδο του, και, αν περάσει τον έλεγχο της ιστοσελίδας, του επιτρέπεται η πρόσβαση. Αυτή η διαδικασία είναι ασφαλέστερη από την χρήση κάποιου κωδικού, αλλά και απλούστερη για το χρήστη.

Το προσωπικό ψηφιακό πιστοποιητικό εγκαθίσταται στον πλοηγό (browser) μετά την απόκτησή του από την κατάλληλη ιστοσελίδα. Μπορείτε να το εγκαταστήσετε στο πρόγραμμα διαχείρισης ηλεκτρονικού ταχυδρομείου που χρησιμοποιείτε ακολουθώντας τις οδηγίες που θα βρείτε σε αυτή τη σελίδα αναλόγως του πλοηγού(browser) που χρησιμοποιείτε. Τα προγράμματα αυτά το χρησιμοποιούν αυτόματα, όταν για παράδειγμα ζητήσετε να υπογράψετε κάποιο e-mail. Οι ρυθμίσεις γίνονται συνήθως κατά την εγκατάσταση του πιστοποιητικού και σαν προεπιλογή χρησιμοποιείται από τα προγράμματα η υπογραφή των ηλεκτρονικών μηνυμάτων κατά την αποστολή τους.

Το προσωπικό ψηφιακό πιστοποιητικό περιέχει τα στοιχεία σας και το δημόσιο κλειδί σας (μια κωδικοσειρά δημοσίως γνωστή), υπογεγραμμένα από την Αρχή Πιστοποίησης που το εκδίδει. Σε αυτή την περίπτωση είναι η Κεντρική Αρχή Πιστοποίησης από την Υποδομή Δημοσίου Κλειδιού ΑΠΘ. Για να εκδοθεί το πιστοποιητικό απαιτείται η ταυτοποίηση των στοιχείων του αιτούμενου χρήστη, που γίνεται μέσω των κατάλληλων ιστοσελίδων, εφόσον ήδη έχει λογαριασμό χρήστη σε φορέα συνεργαζόμενο με την Υποδομή Δημοσίου Κλειδιού ΑΠΘ.