Λογισμικό για επιστημονική χρήση

Μεταγλωττιστές, βιβλιοθήκες και πακέτα λογισμικού τα οποία υπάρχουν εγκατεστημένα στο User Interface και στην Υπολογιστική Συστοιχία του ΑΠΘ
Κατηγορία 

 

Compilers (Μεταγλωττιστές)

Όνομα

Διαθέσιμες εκδόσεις

GNU Compiler Collection (GCC) 3.4.6 και 4.4.7
Intel C/C++ and Fortran Compiler Suite 14.0.1.106 (Licensed per user)
Pathscale (Ekopath) Compiler Suite 3.1 και 4.0.10
Open64 Compiler Suite 4.5.2
Cuda Toolkit 6.0
 

Interpreted languages

Όνομα

Διαθέσιμες εκδόσεις

Python 2.6.6, 2.7
Perl 5.10.1
Octave 3.4.3
MATLAB (manual) 2008b, 2010b, 2014a, 2015b (Licensed μέσω ΚΗΔ)
Mathematica (manual) 10.4 (Licensed μέσω ΚΗΔ)
IDL (manual) 8.4 (Licensed μέσω ΚΗΔ)
Ruby 1.8.7
R (manual) 3.2.3
Tcl 8.4
ROOT 5.28

 

Υπολογιστικές και I/O Βιβλιοθήκες

Όνομα

Διαθέσιμες εκδόσεις

BLAS 3.2.1
LAPACK 1.7.5, 3.2.1
ATLAS 3.8.4
ARPACK 3.1.3
ScaLAPACK 1.7.5
BLACS 1.1
Intel MKL Libraries 11.1
GNU Scientific Library (GSL) 1.13
Boost C++  
HDF5 1.8.5
NetCDF 4.1.1, 4.3.1
FFTW3 3.2.1
Grib 1.12.1
Jasper 1.900.1
PnetCDF 1.7.0,1.8.0
igraph 0.5.3
Geant4 Toolkit 9.4.p01
Numpy 1.4.1, 1.9.2, 1.12.0
Scipy 0.7.2, 0.18.1
Cython 0.23.4
Matplotlib 15.1, 2.0.0
VLFeat 0.9.20
GDAL 1.7.3
SPAMS (SPArse Modeling Software)  
Basemap  
TeX Live  

MPI Wrappers

Όνομα

Διαθέσιμες εκδόσεις

Mpich3 3.1.1
Mpich2 1.2.1
OpenMPI 1.5.4
 

Εφαρμογές

Όνομα

Κατηγορία

Σχόλια

WRF Earth Sciences  
UPP Earth Sciences  
CAMx Earth Sciences  
RegCM Earth Sciences  
Chimere Earth Sciences  
Chimplot Earth Sciences  
Ferret Earth Sciences  
FLOW-3D CFD Licensed per user
NUMECA CFD Licensed per user
ANSYS/Fluent CFD Licensed (μέσω ΚΗΔ)
ANSYS/CFX CFD Licensed (μέσω ΚΗΔ)
Code_Saturne CFD  
OpenFOAM CFD  
Sphysics CFD  
ANSYS CFD Licensed (μέσω ΚΗΔ)
Lumerical/FDTD CAD Licensed per user
Code_Aster Engineering  
NAMD Chemistry/Materials  
CP2K Chemistry/Materials  
LAMMPS Chemistry/Materials  
VASP Chemistry/Materials Licensed per user
Gaussian Chemistry/Materials Licensed per user
Abinit Chemistry/Materials  
Quantum Espresso Chemistry/Materials  
DL_POLY Chemistry/Materials  
Siesta Chemistry/Materials  
VESTA Visualization for Electronic and STructural Analysis  
Corsika Physics  
ANSYS Electromagnetics (HFSS) Engineering/Physics Licensed (μέσω ΚΗΔ)
hfss-matlab API  Engineering/Physics  
MsVar Life Sciences  
ecoPCR Life Sciences  
ecoPrimers Life Sciences  
STACKS Life Sciences  
EIGENSOFT Life Sciences  
ADMIXTURE Life Sciences  
STRUCTURE Life Sciences  
fastStructure Life Sciences  
FastQC Life Sciences  
FASTX-Toolkit Life Sciences  
Trim_galore Life Sciences  
Cutadapt Life Sciences  
TopHat Life Sciences  
SAMtools Life Sciences  
bcftools Life Sciences  
Picard Life Sciences  
ANNOVAR Life Sciences  
REDItools Life Sciences  
VarScan Life Sciences  
SRA Toolkit Life Sciences  
OBITools Life Sciences  
BEAST Life Sciences  
PAML Life Sciences  
RAxML / RAxML-HPC Life Sciences  
PhyML Life Sciences  
BLAST+ Life Sciences  
dDocent Life Sciences  
IGV Life Sciences  
BEDTools Life Sciences  
VCFTools Life Sciences  
SeqMule Life Sciences  

Καμία λίστα από τις παραπάνω δεν είναι περιοριστική. Εφόσον υπάρχει η ανάγκη να εγκατασταθούν επιπλέον εργαλεία ή να υποστηριχθούν επιπλέον εφαρμογές αυτό μπορεί να γίνει σε συννενόηση με την ομάδα του Γραφείου Επιστημονικών Υπολογιστικών Υπηρεσιών, ΚΗΔ ΑΠΘ μέσω των συνδέσμων αίτησης προσθήκης λογισμικού και αίτησης για υποστήριξη εφαρμογών.

Προϋποθέσεις

Προϋπόθεση για την πρόσβαση σε αυτά τα εργαλεία είναι πρόσβαση στην Ιδρυματική συστοιχία ή η πρόσβαση στο Grid